おそらく初めてCGに挑戦する方にとって、一番ややこしいパネルとなるのが、このレイヤパネルです。
しかしCG作成の際に、一番使用するのも、このパネルではないかと思います。

左上の「画像」ボタンは単体レイヤのチャンネル操作ボタンです。
選択中のレイヤの画像プレーンとマスクプレーン・追加プレーン操作と切り替えを行います。クリックすると、「画像」「マスク」のプレーン切り替えメニューと「プレーンの追加と削除」というメニューが出ます。
透過情報やマスク操作を行わない限り、必要ありません。通常はマスクと画像の切り替えをするのに使います。
※ プレーン操作とは、アルファチャンネル画面の操作と認識しておけば良いでしょう。

その下の「編集ボタン」は新規レイヤを作成したり、選択中のレイヤを削除したりするレイヤ編集を行うためのものです。
クリックすると「追加」「削除」「複写」「設定」「サイズ変更」「レイヤの結合」「下位レイヤとの結合」「影の作成」の選択メニューがポップアップします。
「追加」は白紙（透明な状態）のレイヤを追加します。
「削除」は選択中のレイヤを削除します。一番上に置かれているレイヤ(ベースレイヤ。新規作成時は必ずLAYER0という名称となります)は削除できません。
「複写」は選択中のレイヤと同じものを新規レイヤとして作成します。
「設定」では選択中のレイヤの詳細設定を行うことができます。ここでレイヤ名を変更したり、表示方法を変更したりすることができます。
「サイズ変更」は選択中のレイヤサイズを変更します。変更方法を設定するダイアログが表示され上下左右をピクセル単位で増減させることができます。解像度を変更するわけではないので、増やした場合は余白となり、減らした部分に画像情報が存在した場合、その情報は切り捨てられます。
「レイヤの結合」ではレイヤ結合ダイアログを表示します。メニューバーの「画像」-「レイヤの結合」を選択した場合と同じです。
「下位レイヤの結合」は、選択中レイヤより下位にあるレイヤを一枚のレイヤに結合します。それより上位にあるレイヤには影響しません。
「影の作成」は透明部分に、不透明部分の影を作成します。影の形状はダイアログで設定します。(新規作成時のベースレイヤに透明部分はありません)


その下にある(図では緑色)のボタンは、透明部分を認識するための「下地色」の選択です。
Pixiaではレイヤとして透明なレイヤを作成したり、現存するレイヤにケシゴムを適用することによって、レイヤの一部を透明にし、下に配置させたレイヤ上の画像を表示します。レイヤ上に透明部分があるとフィルタなどで想定された効果を得られない場合がありますので、透明に見える部分の色を変化させることによってレイヤ上の透明部分を確認することになります。クリックすると「背景色設定」ダイアログが開きますので、任意の色を選択して下さい。選択はHSVかRGBの色相円かバーをドラッグして色を作成します。作成された色は下図の矢印部分に表示されていますので、ここが任意の色になったら「OK」ボタンをクリックします。

キャンバス上で使われていない色にすると解りやすいでしょう。なお画像キャンバスを新規作成した場合、最初のレイヤは透明部分のない白紙となります。「背景色選択」で白以外の色を設定してから、ケシゴムを適用すると「どのように透明部分ができるのか」が明確になります。その状態でフィルタを適用してみて、どのように変化するかを確認しておくことをお奨めします。

アルファベットのTに棒が重なっているボタンは「Tボタン」と呼ばれ、描画時に透明部分への描画抑制するものです。クリックすると棒がTの上のみに表示され、再度のクリックで元に戻ります。下図の状態が「描画抑制無効」の状態で、クリックすると透明部分への描画は抑制されます。


右側に並んでいるのが、現在作業中のキャンバスにある画像のレイヤ一覧です。上の3番目は右にずれていますが、これは「非表示」が選択されていることを示しています。左に揃っているレイヤが表示中のレイヤです。この切り替えはレイヤ名の上にある三角が二つ並んでいるボタンをクリックして行います。
作業中のレイヤは、図例では「カレントレイヤのサムネイルを再描画しない」設定になっているため、鉛筆の画像がサムネイルに表示されています。またレイヤ名が赤になっており、その左に表示識別マークが出ています。
表示識別マークというのは、選択中レイヤ(カレントレイヤ)のレイヤ名の左にある青い●マークです。図では一番上のLAYER0となります。ここをクリックすると「このレイヤのみ表示」「レイヤ合成表示」という選択メニューがポップアップします。「レイヤ合成表示」では図版のような●、「このレイヤのみ表示」を選択すると○が表示されます。
マスクや透過色を選択しているときには、さらに「ch」というマークになります。chはチャンネル別表示で、マスク画面は赤チャンネルに、透過色は緑チャンネルに、画像レイヤの情報は青チャンネルに表示させます。
乗算で表示(マスク・追加マスク・透過色プレーンの画像をグレースケールで画像レイヤの上に被せたようなイメージで表示させる)しているときには「cr」となります。この二つの合成方法はカレントレイヤの画像のみを見るものです。
マスクプレーン・透明色プレーンの情報は表示せず、レイヤ合成イメージのみを見ながら編集する場合には、「レイヤ合成表示」を選択します。この場合には通常の画像レイヤ編集中と同じ●となります。
→透明部の色選択と追加プレーンについて

編集ボタンからメニューで呼び出すこともできるレイヤ設定ですが、レイヤ名の部分をクリックしても呼び出すことができます。またctrlキーを押しながらキャンバス上で右クリックしても設定画面を表示させることができます。
ctrlキーを押しながらクリックした場合はポインタ(マウスカーソル)の位置にある一番上のレイヤ(レイヤパネルでは一番下)を、編集中のレイヤ(カレントレイヤ)とします。このため全てのレイヤがフルサイズで、レイヤ移動を行っていない状態では、ctrlキーを押しながらキャンバス上の任意の位置をクリックすることにより、常に編集対象のレイヤとして、一番上に見えているレイヤ(レイヤパネルでの表示は一番下に表示される)を選択することができます。


○キャンバス上でのドラッグによるレイヤ操作
レイヤ画像はキーボードの特定キーを押しながらキャンバス上をドラッグすることによって移動させることが出来ます。ctrlキーを押しながらドラッグした場合は、ポインタ(マウスカーソル)の位置にある一番上のレイヤ(レイヤパネルでは一番下)を、ctrlキーとshiftキーを押しながらドラッグした場合は、編集作業中のレイヤ(カレントレイヤ)をドラッグに合わせて移動させます。

レイヤ設定の説明を表示する